Sample Texts
Specialty:
Genetics
From:
English
GENOME SNP PANEL
Utilization of a whole genome SNP panel for efficient genetic mapping in the mouse
Phenotype-driven genetics can be used to create mouse models of human disease and birth defects. However, the utility of these mutant models is limited without identification of the causal gene. To facilitate genetic mapping, we developed a fixed single nucleotide polymorphism (SNP) panel of 394 SNPs as an alternative to analyses using simple sequence length polymorphism (SSLP) marker mapping. With the SNP panel, chromosomal locations for 22 monogenic mutants were identified. The average number of affected progeny genotyped for mapped monogenic mutations is nine. Map locations for several mutants have been obtained with as few as four affected progeny.
The average size of genetic intervals obtained for these mutants is 43 Mb, with a range of 17�83 Mb. Thus, our SNP panel allows for identification of moderate resolution map position with small numbers of mice in a high-throughput manner. Importantly, the panel is suitable for mapping crosses from many inbred and wild-derived inbred strain combinations. The chromosomal localizations obtained with the SNP panel allow one to quickly distinguish between potentially novel loci or remutations in known genes, and facilitates fine mapping and positional cloning. By using this approach, we identified DNA sequence changes in two ethylnitrosourea-induced mutants.
To:
Russian
ГЕНОМНЫЙ НАБОР SNP
Использование набора SNP всего генома для эффективного генетического картирования у мышей.
С помощью селекции фенотипа можно получать мышиные модели человеческих болезней и врождённых дефектов. Однако, без идентификации вызвавшего мутацию гена польза от таких моделей ограничена. Для облегчения процесса генетического картирования мы разработали набор для определения полиморфизма единственного фиксированного нуклеотида (single nucleotide polymorphism, SNP), состоящий из 394 SNP, и испольльзовали этот метод как альтернативу анализу полиморфизма длинны микросателлитов (simple sequence length polymorphism, SSLP). С помощью набора SNP была определена локализация 22-х моногенных мутаций. В среднем для картированных моногенных мутаций было генотипировано девять несущих мутацию потомков. Несколько мутаций картировали, используя всего лишь четырёх потомков, несущих мутацию.
Средний размер генетических интервалов, полученных для этих мутантов, был 43 Мб с диапазоном 17 - 83 Мб. Таким образом, наш метод предполагает высокопропускное позиционирование на карте с умеренным разрешением, с использованием небольшого количества мышей. Важно отметить, что набор SNP пригоден для картирования многих инбредных линий, а также инбредных линий диких животных. Полученная с помощью набора SNP хромосомная локализация позволяет быстро различать между потенциально новыми локусами и повторными мутациями известных генов, что способствует тонкому картированию генов и позиционному клонированию. С помощью этого метода мы определили изменение последовательности ДНК при двух мутациях, индуцированных этилнитрозомочевиной.